MicroRNAs（miRNAs）是一类长度约为21-24nt的内源性非编码小RNA，通过翻译抑制、靶基因降解和基因沉默在转录后水平调控基因的表达，在植物的生长、发育、适应环境过程中发挥重要作用。
南京大学杨永华教授课题组为识别和比较两个玉米自交系在种子发育过程中的miRNA及其靶基因（即PH6WC和PH4CV），构建了两个小RNA文库和两个降解组文库。通过高通量测序和miRNA鉴定，从两个小RNA文库中鉴定出55个保守miRNA和24个新的特异的miRNA；此外，通过降解组测序和分析，从两个降解组文库中鉴定出对应于38个特异miRNA序列的137个靶基因转录本。随后，对16个显著差异表达的miRNA序列进行了qRT-PCR验证。其中，9个验证序列对应的30个转录本主要参与调节胚芽的开花和发育。
图 玉米自交系PH6WC和PH4CV种子发育阶段差异表达的miRNA及其靶基因
因此，研究结果表明，一些与生殖发育相关的miRNA（例如miR156，miR171，miR396和miR444）可能在玉米自交系PH6WC和PH4CV种子发育过程中差异表达。
Wu FY, et al. (2016) Comparison of miRNAs and Their Targets in Seed Development between Two Maize Inbred Lines by High-Throughput Sequencing and Degradome Analysis. PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0159810.
本研究中的小RNA测序和降解组测序由联川生物协助完成
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