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【伯豪生信云】工具上新!精选T0P10实用单细胞多组学小工具介绍

作者:上海伯豪生物技术有限公司 2024-04-01T00:00 (访问量:3397)

伯豪生信云系统自2023年11月上线以来,已经上架79个生信小工具。其中单细胞多组学专项工具21个,囊括Marker基因可视化,细胞占比分析,差异分析,功能富集,基因集打分等多种分析方法。下面我们精选用户使用次数最多的10个实用单细胞多组学小工具,进行详细的功能介绍!

伯豪生信云网址:

http://tools.shbio.com/home/index.html

 

1. 单细胞核RNA测序项目经验查询

冰冻样本做单细胞核RNA测序(snRNA-seq)能够检测到多少细胞和基因?能不能注释到关注的细胞类群,目标细胞群细胞占比怎么样?单细胞核RNA测序项目经验查询,一键告诉您全部答案,解除您的后顾之忧!

2. Marker基因气泡图

想要展示marker基因在不同cluster中表达特异性?更想快速根据marker基因的表达进行人工细胞注释?Marker基因气泡图很好使!Marker基因气泡图用于展示多个marker基因在不同cluster或不同细胞类群中的表达情况。

3. 基因tSNE/UMAP图

选择感兴趣的基因,在tSNE或者UMAP坐标下,展示其在单细胞中所有亚群的表达情况。颜色越深说明该基因表达量越高。适用于展示每个细胞类群的marker基因表达特异性。

4. 细胞占比分析_堆叠柱形图

细胞占比分析,通过堆叠柱形图展示多样本中每个cluster或者每种细胞类群中的细胞数和细胞比例。

5. cluster差异基因火山图

cluster差异基因火山图酷炫展示每个cluster中显著差异上调和差异下调的基因。快速了解不同细胞类群的基因差异表达情况。

6. KEGG富集分析

KEGG功能富集分析用于探究关注的基因集合(如差异表达基因、cluster特异表达基因)的通路富集情况。该工具进行富集分析并输出富集分析结果表、富集气泡图和柱形图。

7. signature基因集表达热图

探究关注的基因集合(如缺氧,自噬,铁死亡等相关基因集合)在不同细胞群中的表达情况,对特定基因集中的基因表达量进行可视化。

8. 基因集打分的tSNE/UMAP图

识别关注的单个基因集或多个基因集(如缺氧,自噬,铁死亡等相关基因集合)在细胞中富集的情况,该工具根据多个基因集中对应基因表达量对每个细胞进行打分(采用GSVA包中的ssgsea打分算法),展示多个功能在细胞中的富集情况。

9. Marker基因切片图

Marker基因切片图用于展示关注的目标基因(一个或多个基因)在空转组织切片中的表达情况,探究目标基因的表达及空间位置信息。

10. 基因集打分切片图

展示目标基因集(如缺氧相关基因,铁死亡相关基因)或相关通路中的基因在组织切片中富集的情况,探究目标基因集或相关通路在组织中的哪些区域被显著激活。

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