南农大吴震组:当番茄遇上高温......| 用户文章-技术前沿-资讯-生物在线

南农大吴震组:当番茄遇上高温......| 用户文章

作者:联川生物技术公司 2016-10-10T08:42 (访问量:2907)

研究背景

miRNA是一类具有19-24个核苷酸的非编码RNA,其在植物非生物胁迫应激反应中发挥重要作用。由于高温对植物的生长发育有着负面影响,因而一直是备受研究者们关注的研究主题。目前,已在一些植物中鉴定到一些热响应性miRNA,然而,关于高温条件下番茄中miRNA及其靶基因的研究暂无报道。

研究结果

本研究中,研究人员分别对三种不同温度(常温26/18℃、中度高温33/33℃及高温40/40℃)条件下生长8h的野生番茄叶片进行取样,并构建了三个小RNA文库及三个降解组文库。通过高通量测序,检测到662个保守miRNA,97个未知miRNA,其中469个保守miRNA及91个未知miRNA是三个文库中都有出现的。这些miRNA中,96个miRNA响应于中度高温,150个miRNA响应于高温。此外,降解组测序鉴定了138个保守miRNA所对应的349个靶基因,8个未知miRNA对应的13个靶基因。GO及KEGG分析表明保守miRNA的靶基因参与许多生物学过程和分子功能,包括细胞凋亡过程、氧化还原过程中、蛋白质磷酸化、TCA循环、光合生物固碳、转录DNA依赖性调节及ATP结合等。与保守miRNA靶基因不同,未知miRNA的靶基因有一些独特的分子功能,包括氮酸酯单加氧酶、天冬氨酸型内肽酶及甲基转移酶活性。GO富集分析表明,差异表达的miRNA的靶基因主要参与调节野生番茄在高温条件下序列特异性DNA结合的转录因子活性及转录和序列特异性DNA的结合。经过qRT-PCR鉴定发现7个miRNA及6个靶基因的表达水平与测序结果一致。

研究结论

本研究丰富了热响应性miRNA的数目,并为阐释番茄在高温条件下miRNA介导的调控机制奠定了基础。

图 不同温度条件下番茄叶片保守miRNAs (A)及未知miRNAs (B)分布Venn图

用户文章

Rong Zhou1, Qian Wang, Fangling Jiang, et al.(2016)Identifcation of miRNAs and their targets in wild tomato at moderately and acutely elevated temperatures by high-throughput sequencing and degradome analysis. Scientific Reports.dio: 10.1038/srep33777

感兴趣的文章,欢迎回复文章题目至公众号,并留下您的邮箱,向小编免费索要哦~往期客户案例文章亦可咨询索要哦~

回复“案例”,查看联川往期用户文章案例

回复“联合分析”,查阅联川合作课题组近期联合分析研究成果。

联川2016秋季巡讲,已火热开幕!回复“日程”,查看具体讲座日程信息!

回复“礼物”,马上报名参加开学季送好礼活动!



联川生物技术公司 商家主页

地 址: 杭州经济技术开发区下沙6号大街260号中自科技园16幢4层

联系人: 吴先生

电 话: 0571-87662413

传 真: 0571-81951905

Email:market@lc-bio.com

相关咨询

快来围观,你离高分paper还差一个phasiRNA (2019-01-14T13:34 浏览数:4451)

如何选择合适的qRT-PCR内参基因? (2019-01-14T11:06 浏览数:18210)

为什么要做绝对定量测序-数据分析 (2018-09-21T17:59 浏览数:4251)

低通量单碱基m6A验证的新方法|m6A专题 (2018-09-18T16:04 浏览数:4242)

祝贺联川客户继Nature后又发一篇Nature Genetics (2018-09-18T16:03 浏览数:4054)

联川生物八月份客户文章汇总 (2018-09-18T16:02 浏览数:2948)

联川生物七月份客户文章汇总 (2018-09-18T16:01 浏览数:2915)

肝硬化与肝纤维化研究进展 (2018-09-18T16:01 浏览数:10730)

【用户案例】感染鲫鲤疱疹病毒2的银鲫中miRNA的差异表达 (2018-09-18T16:00 浏览数:2968)

病毒m6A专题 | HIV感染宿主促进病毒及T细胞m6A修饰 (2018-09-18T16:00 浏览数:3522)

ADVERTISEMENT