无标记定量蛋白质组学（Label-free Quantitative Proteomics, LFQ）因其样本准备简便、适用范围广、成本相对较低，成为当前生物医学研究中的主流定量策略。然而，LFQ数据质量和重复性问题始终是制约其应用深度和可靠性的关键因素。在本文中，我们将系统解析影响LFQ数据表现的主要因素，并分享在实验设计、样本制备、质谱采集与数据分析各环节优化的方法，助力科学家获得更高质量、更具可重复性的蛋白质组数据。

一、影响无标记定量蛋白质组学LFQ数据质量与重复性的主要因素

1、样本制备的一致性

样本制备是蛋白质组学实验的基础。细微的差异，如裂解条件、蛋白定量准确性、酶解效率等，均可引起系统误差，最终影响定量结果。

常见问题包括：

（1）细胞/组织裂解不充分

（2）总蛋白量估算不准

（3）胰蛋白酶酶解不完全或过度

（4）污染（如角蛋白）引入

2、质谱仪稳定性与参数设置

无标记定量蛋白质组学极度依赖质谱仪在长时间采样过程中的性能一致性。任何漂移、污染或电离效率变化，都会直接影响定量精度。

关键因素包括：

（1）离子源污染、质谱腔体污染

（2）保留时间漂移（尤其在长梯度液相分离中）

（3）分辨率与扫描速度设置不当

（4）数据依赖型采集（DDA）随机性问题

3、数据分析流程标准化

数据处理流程的不一致（如搜索参数差异、峰面积提取算法不同、归一化策略不统一）也是导致LFQ数据可重复性差的重要原因。

二、提高LFQ数据质量与重复性的实用策略

1、严格标准化样本制备流程

（1）统一裂解缓冲液和处理时间：如RIPA或SDS裂解，并保持冰浴条件防止蛋白降解。

（2）精确蛋白定量：建议使用BCA法，并在同一批次完成。

（3）控制酶解条件：标准化蛋白酶与底物的比例（如1:50），温度和时间（如37°C，16小时）。

（4）加强去除污染控制：实验过程中佩戴手套、使用低蛋白结合耗材。

在百泰派克生物科技，我们在样本制备环节采用全流程SOP标准，最大程度减少人为误差，确保蛋白质前处理的一致性和高效性。

2、优化质谱仪维护与采集参数

（1）定期质谱维护与校准：保持离子源清洁，定期更换质谱腔室气体过滤器。

（2）稳定液相系统：选择高稳定性的nanoLC系统，并在梯度前后设清洗步骤，避免柱效下降。

（3）优化DDA采集策略：适度控制Top N选择数，防止高丰度肽段过度重复采集。

（4）采用内标监测：引入外源标准肽（如iRT标准肽）实时监控系统性能。

百泰派克生物科技配备Thermo Orbitrap Exploris 480与自建质控体系，每次样本上机前均进行系统预检测，确保每一次质谱采集的稳定可靠。

3、规范化数据处理与质控流程

（1）统一数据库搜索参数：固定肽段质量误差范围、酶切位点设定、修饰类型等。

（2）采用先进定量算法：如MaxQuant LFQ模块，结合匹配间隙（Match Between Runs, MBR）功能提升肽段识别率。

（3）多层次质控评估：

* PCA分析评估样本聚类一致性

• 变异系数（CV）计算筛选稳定蛋白
• 定量结果与生物学背景逻辑交叉验证

在百泰派克生物科技，所有蛋白质组数据处理均由经验丰富的数据分析师执行，并结合自主开发的多维度质控系统，确保输出结果的科学性与可重复性。无标记定量蛋白质组学以其独特优势，已成为揭示疾病机制、探索生物标志物的重要工具。通过在样本处理、质谱采集与数据分析各环节的精细化控制，可以显著提升LFQ数据的质量与重复性，为科学研究提供更加坚实的数据支撑。百泰派克生物科技专注于高质量蛋白质组学服务，依托国际一流质谱平台与严格的质控体系，为您的科研项目提供值得信赖的数据保障。欢迎联系我们，共同推进科学探索的每一步！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目