免疫沉淀（IP）与免疫共沉淀（Co-IP）都依赖抗体—抗原特异性结合，但科学问题不同：IP 更像把目标抗原从复杂裂解液里钓出来；Co-IP 则强调在接近生理或接近天然复合物存在的条件下，看哪些蛋白与诱饵一起被抗体拉下来，因此更常用于蛋白相互作用与复合物组成的假说驱动或验证闭环。

关键要点对照

流程上有何相同与不同？

共同骨架仍是：裂解 → 预处理 →抗体—固相亲和 →洗涤 →洗脱。Co-IP 往往对缓冲盐浓度、去污剂种类、蛋白酶抑制剂组合更加敏感——过度苛刻会洗掉弱互作猎物，过分温和则可能引入更多非特异附着。实际操作中，两套实验均需IgG/mock、细胞背景等对照来解释是否真的共富集。

图 1. Co-IP 强调复合物伙伴关系；IP 可强调抗原本身检出。

什么时候选 IP？

1、需要先确认诱饵蛋白是否可被抗体高效沉淀。

2、想评估蛋白表达诱导、抑制剂处理等变量对诱饵量而非互作全貌的影响。

3、后续将诱饵用于非互作目的的进一步纯化分级。

什么时候选 Co-IP？

1、手头有针对 A 的高质量抗体并希望检测 B 是否随 A 特异地共富集。

2、想回答在体内或接近体内的条件下，这一对蛋白可否共存在于同一可溶性复合物池中——仍需对照与orthogonal验证。

3、想一次性把共沉淀蛋白送进质谱以获得更广谱互作图谱候选。

图 2. 两种富集路线的下游可根据假说复杂度选择。

局限性

共沉淀不是距离的物理尺子：洗涤剂、摩尔渗透压、剪切力都会扰动。互作≠共定位≠共通路，功能回补、Proximity、突变体结构域缺失、生化重组等往往需要跟进。

图 3. 三个常见认知误区：IgG、动态范围与共迁移污染。

FAQ

1、Co-IP 阴性是否说明没有互作？

不一定。可能只是条件过严、瞬时互作、表位不可用或需要先交联固化。

2、只有 IP、没有 Co-IP 能发互作文章吗？

视证据强度和领域惯例而定；通常需要orthogonal数据支持。

3、Co-IP 后质谱需要做 SILAC 吗？

视假说：探索性可先 DDA；需严格区分特异/非特异时 SILAC/同位素更稳。

4、IP 可否用于膜蛋白？

可以，但更依赖去垢剂选择与溶解策略，后续质谱也需评估酶切覆盖率。

5、标签融合会不会改变互作？

可能。需评估标签位置、 linker 和功能对照。

结论

IP 更像目标抗原驱动的富集读出，Co-IP 则更直接地面向谁与谁共沉淀。实验设计应从科学问题倒退：若核心在互作拓扑与复合物组分，优先考虑 Co-IP + 严苛对照并可衔接质谱；若核心在诱饵丰度或小分子扰动读出，则从 IP/WB、靶向质谱梯度展开。善用 IgG/mock、SILAC IP-MS、交联补强可把结论从线索推进为可被同行接受的证据等级。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

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北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

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